La présence d'une activité fluviale à Strasbourg remonte à l'antiquité. Déjà à l'époque du " castrum ", les romains décident d'y installer un petit port de commerce.
Ville prospère située géographiquement à proximité immédiate du Rhin (auquel elle est reliée par le " Rheingiessen "), Strasbourg devient, rapidement, un port fluvial de première importance.
Ville de foires et de marchés, elle joue un rôle crucial dans les échanges fluviaux entre l'Italie, la suisse et les pays du Rhin moyen (Francfort). La construction, en 1388, d'un pont fixe reliant les deux rives permet à Strasbourg d'élargir son contrôle à l'ensemble des marchandises transitant, par voie terrestre, entre les deux territoires.

Cette situation monopolistique s'atténue fortement au 16ème siècle.
Sur " eau ", le transport fluvial est fortement remis en cause par l'augmentation rapide du transport maritime.
Sur terre, les voies de communications, directement héritée de l'empire romain, souffrent d'un taux d'insécurité trop important. Les attaque de bandes organisées sont monnaies courantes et laissent peu de chance aux caravanes et aux convois.
Enfin, les tensions permanentes entre le royaume de France (auquel Strasbourg est rattaché en 1689) et l'empire allemand, se répercutent sur la navigation fluviale. Initialement utilisé comme voie de transport et d'échange, le Rhin est dorénavant considéré comme une frontière défensive.

Après deux siècles de stagnation, la deuxième moitié du 19ème siècle voit l'émergence d'une bourgeoisie d'affaire strasbourgeoise. Avec l'arrivée de la révolution industrielle, la société passe d'une logique d'agriculture et d'artisanat, à une logique industrielle. Le succès d'une telle politique économique et sociale repose, avant tout, sur l'efficacité des systèmes de production et des voies de communication.

Soutenue par d'importants apports financiers, une intense activité industrielle se développe autour de Strasbourg. Dans son sillage, le commerce (de gros notamment) s'organise. L'industrie, machine à produire et à transformer, doit pouvoir être, en permanence, alimentée en matière première. De même, les productions, quelque soient leurs natures, doivent toutes pouvoir être écoulées et transportées rapidement jusqu'à leurs destinataires.

D'importants efforts sont entrepris dans ce sens. Côté français, le Rhin est relié, en 1834, au Rhône par le canal du Rhin au Rhône et en 1853 à la Marne par le canal de la Marne au Rhin. Connecté au canal des houillères de la Sarre, ce dernier finit de transformer Strasbourg en une véritable plate-forme d'échange et de redistribution fluviale pour toute l'industrie charbonnière rhénane (charbon de la Sarre, provenant de France, et charbon de la Ruhr, provenant d'Allemagne). A cela viennent se rajouter les productions métallurgiques de lorraines, la potasse haut-rhinoise, le bois et les céréales puis, quelques décennies plus tard, les produits pétroliers.

Mais la navigation fluviale est souvent difficile. Le fleuve possède ses humeur. L'augmentation du poids et de la taille des navires, n'est pas fait pour arranger les choses. Sous la pression des exportateurs de charbon allemands, d'important travaux sont entrepris afin de canaliser le fleuve.

Après sa fixation progressive, le lit s'encaisse, ce qui a pour effet d'entraîner un enfouissement de la nappe phréatique de quelque mètres.
La conséquence sur les zones inondables, comme les rieds, est immédiate. La diminution du niveau de la nappe phréatique se traduit par l'assèchement rapide des nombreuses zones humides entourant la ville.
Ces terrains sont récupérés pour les besoins de l'agriculture ainsi que pour la création des premières zones industrielles (ZI de la Plaine des Bouchers en 1912).

Dans le même temps, un vaste chantier est lancé afin de remettre à niveau l'ensemble des installations portuaires. Il aboutira, en 1924, à la création du port autonome de Strasbourg.