L'église Saint-Pierre-le-jeune protestante, est l'aboutissement d'une très longue série de modifications et de remaniements architecturaux. Jadis, se dressait à l'emplacement de l'actuelle église, une chapelle dédiée à Sainte-Colombe. Mais, vers 1350, les évêques Guillaume et Hetzel, ordonnent la construction d'une basilique à deux choeurs opposés, unique en Alsace.

En 1524, Saint-Pierre-le- Jeune devient protestante. Elle fait, alors, partie des sept paroisses luthériennes que compte Strasbourg. Mais, en 1681, Louis XIV décide de la restituer aux catholiques. Finalement, en 1893, lors de la construction de la nouvelle église Saint-Pierre le Jeune catholique, l'édifice est réaffecté au culte protestant.

En 1897, la restauration complète de l'église est confiée à l'architecte allemand, Carl Schaëfer. Son travail, notamment au niveau des peintures murales, soulèvera de très nombreuses critiques.
Seule église strasbourgeoise à posséder un cloître encore entier, Saint-Pierre- le-Jeune protestant, accueille une impressionnante collection d'épitaphes et de pierres tombales (près de 80).